Yogourt Hacking

Le yaourt est le produit d’une fermentation bactérienne du lait. Ici on se propose de fournir à la bactérie Lactobacillus bulgaricus l’information génétique nécessaire pour qu’elle puisse fabriquer un certain type de protéines dites « fluorescentes ». Le résultat de la manipulation devrait être l’obtention d’une nouvelle souche bactérienne permettant la fabrication de yaourt fluorescent !! :-) D’un seul coup manger du yogourt est beaucoup plus fun, puisqu’il brillera sous une lumière violette :-) !

Isoler les bactéries du yaourt

Il nous séparer les 2 espèces de bactéries qu’on trouve au sein du yaourt (j’ai pris un yaourt bulgare), Lactobacillus delbrueckii sp. bulgaricus et Streptococcus thermophilus. Pour ça j’étale une solution diluée de yaourt sur une boite de pétri contenant un milieu nutritif (ici du LB, j’avais que ça). Apres 24h de croissance à 37°C, on trouve une multitude de colonies bactériennes circulaires. En microbiologie on accepte généralement qu’une colonie n’a qu’une seule bactérie comme ancêtre, autrement dit les bactéries au sein d’une colonie donnée sont toutes les mêmes, on dit alors qu’elles sont des « clones ». Lactobacillus et Streptococcus n’ont pas la même forme d’enveloppe cellulaire, Lactobacillus est une bacille et possède un corps en forme de bâtonnet, et Streptococcus est un cocci et possède un corps sphérique (voir images). Pour savoir de qu’elle type de bactéries les colonies étaient formées, j’ai prélever une partie de ces colonie et les ai mis sur lame de verre afin de pouvoir les observer facilement sous un microscope.

Resultats - 2.3.11

J’ai confirmé que mes colonies étaient toutes formées à partir de bactérie en forme de bâtonnet, il s’agit donc très probablement de Lactobacillus bulgaricus. Je vais les mettre en culture afin d’en faire un stock que je pourrai garder ultérieurement. Il me reste maintenant à isoler Strepococcus… Il est possible que S. thermophillus ne pousse pas sur LB, je vais devoir trouver un nouveau milieu de culture plus adapté, probablement fait à partir de lait. Je vous tiens au courant !

Edit - 10.3.11

Je viens de trouver des infos sur comment isoler efficacement Lactobacillus et Streptococcus (Vive Google Books !). Instructions

La proteine fluorescente

Je vais utiliser un plasmide à faible nombre de copie (afin de ne pas déstabiliser outre-mesure notre hôte) possédant le gène de la « Green Fluorescent Protein » (GFP). Il sera exprimer via un promoteur non-régulable dit « constitutif », afin de garantir le niveau d’expression de notre gène. (Je mettrai la carte du plasmide plus tard).

La suite arrive…

6 comments

  • Thomas décembre 5, 2011

    J’ai un peu de mal à comprendre la partie sur la protéine fluorescente, quelqu’un pourrait-il m’expliquer, svp?

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  • EmmaBernadotte février 22, 2012

    Bonjour,
    Thomas, la GFP est donc une protéine fluorescente, se trouve dans un plasmide qui va être inoculé à la souche bactérien par une méthode dite de « transformation » (souvent, par choc thermique: on met le plasmide en présence de la bactérie, on la choque dans un bassin d’eau chaude à 42°C dans un protocole classique; elle ouvre alors ses pores, le plasmide entre, puis on la remet à température de croissance dans du milieu riche histoire qu’elle récupère). Le plasmide (ADN circulaire) contient alors le gène de la GFP en aval d’un promoteur. Lorsque ce promoteur sera induit, la protéine sera donc exprimée, et la GFP fluoresce dans le vert.
    Par contre, j’ai une question pour l’auteur: penses tu qu’il y ai dans un yaourt consommable assez de lactobacillus, et que le plasmide low copy number ait un promoteur assez fort, pour que la couleur se voie sur un yaourt consommable?

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  • Emilie mai 29, 2012

    J’ai aussi des questions pour l’auteur : le lien pour la separation des deux types de bacteries ne mene plus a rien, j’ai trouve quelques autres protocoles neanmoins j’aimerais savoir lequel vous avez utilise ; je voulais aussi savoir ou vous vous etes procurer la GFP ; et pour finir je m’interroge comme Emma Bernadotte sur la proportion de chacune de ces bacteries dans le produit final. Bravo pour ce projet original et attirant!

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  • Thomas juin 10, 2012

    Hello Emma, c’est une très bonne question. Je ne connais pas la densité de bactéries dans un produit laitier comme le yaourt. Il est clair que l’intensité du signal fluorescent ou luminescent (si on utilise la luminescence) est corrélé positivement à cette densité. A voir lors de la mise en pratique cette été! :)

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  • caroline décembre 3, 2012

    un rapport de la FAO sur les produits laitiers mentionne 10^8 bacteries par millilitre ( http://www.fao.org/docrep/T4280F/T4280F00.htm )

    à rapprocher de l’estimation de densité en bactéries d’une colonie d’Escherichia coli en milieu liquide et riche, en phase stationnaire: 1-2*10^9/ml, mentionné sur le site de bionumbers
    (http://bionumbers.hms.harvard.edu/bionumber.aspx?&id=100984&ver=1)

    les 2 chiffres ne sont pas loin.

    en gros, on peut voir le yaourt comme un milieu de culture pour Lacto. bulg. et Strepto. therm. dans lequel on aurait laissé poussé les bactéries jusqu’à plus faim.

    Des nouvelles du projet ?

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  • [...] avec de l’eau et du savon, s’installer des aimants dans les doigts ou encore faire du yaourt fluorescent (Yogourt hacking). L’objet de la recherche est, bien évidemment, très différente, mais on [...]

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