Tutoriaux

Un ensemble de tutoriels de toutes sortes sur des outils, des techniques, un peu tout et n’importe quoi

Le BlueNote project – Prototype 2

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Description du projet BlueNote de La Paillasse. Un transilluminateur open-source pour moins de 20 euros.

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La version Quick and Dirty du DNA barcoding

Lasagne_pointd'interogation

Voici la méthode la plus simple, la plus rapide et la moins cher pour analyser ce que vous avez dans votre assiette !

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ATCG v.0.1b

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or

Hello World !

This is the second edition of our bio-related links repository. Once again, we let you make your own opinion on the links and projects presented in here.

For this monthly report, we will go from the beautiful to the dirty, from the poetic to the disturbing. On our way wwe will pass through recent discoveries that may change our vision of the world.
Yes, the introduction is ambitious and pretentious but, well you know, we somehow need to get the attention of the few people who will read that article.

Before to start, one of the most beautiful and inspiring bio-art piece i have seen this year, and it’s called years !
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Years by Bartholomäus Traubeck,2011
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The installation is incredibely simple, year ring data are read by a webcam and traslated into music.
Since it is rare to hear generative music that has enough musicality to be a pleasure to listen, we think it worth presenting this project.
Here is how it works:
« A tree’s year rings are analysed for their strength, thickness and rate of growth. This data serves as basis for a generative process that outputs piano music. It is mapped to a scale which is again defined by the overall appearance of the wood (ranging from dark to light and from strong texture to light texture). The foundation for the music is certainly found in the defined ruleset of programming and hardware setup, but the data acquired from every tree interprets this ruleset very differently. »

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Moss Graphitis
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Now it is time for the tiny-tutorial of this report: How to create your own Moss Graphitis !

But first to make you mouth water, first take a look at those masterpieces

And here is the tutorial, deadly simple isn’t it ?

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Algae on LSD
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If you are brave enough to follow our mailing list, you may have notice that we are talking about algae, bioreactors and tutti quanti !

Looking for infos on algae, i’ve found the following documentary on the huge world of Algae. It’s old, sometimes boring but the pictures are just amazingly beautiful and the music is like taken from a psychedelic movie from the 70′s. The off voice is soft and clear and will be the lullaby of your best acid dreams.

Enjoy !
Part 1:

Part 2:

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Orthographic Processing in Baboon
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This is the discovery of the week !

Abstract:

Skilled readers use information about which letters are where in a word (orthographic information) in order to access the sounds and meanings of printed words. We asked whether efficient processing of orthographic information could be achieved in the absence of prior language knowledge. To do so, we trained baboons to discriminate English words from nonsense combinations of letters that resembled real words. The results revealed that the baboons were using orthographic information in order to efficiently discriminate words from letter strings that were not words. Our results demonstrate that basic orthographic processing skills can be acquired in the absence of preexisting linguistic representations.

The paper

Reuter’s article on the discovery.

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Magic Mushrooms
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Ok, not as magic as it is usually thought. Those ones can eat plastic, i already see your DIY-Bioers eyes glowing !

Here are the links:

Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/Pestalotiopsis_microspora

Infos: http://www.fastcoexist.com/1679201/fungi-discovered-in-the-amazon-will-eat-your-plastic

Others can be user to produce plastic, here is a video:

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Art and Bioethics
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« How does the comprehension of genetic vulnerability change our behaviour? Can new materials have an effect on our morals and social structures? »

Revital Cohen asks those questions, if you concerned about those questions then you should take a look at the work of that designer here:

Revital Cohen‘s website.

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Transition: A small step for your browser, giant step to the ugliness
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This channel is somehow weird and can disturb some of you. Au menu, frog dissection and rabbit decomposition ! hmm…Yummi !

DigitalFrogsIntl, i let you « enjoy » the related videos…

In the same taste: slime molds growth

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The wonderful world of Body Hacking
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We have heard lots of YES’s and NO’s about those projects. Thus it is sufficient to mention those projects.

I let you make your own opinion. Use at your own risks.

Quinn Norton: review

Ear on Arm: website

The presentation of Lepht Anonym on her seventh sens !

https://www.youtube.com/watch?v=a-Dv6dDtdcs

 

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The WTF-Bio: Ashes to ashes, Dust to dust ? Hmm…not really…
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Some guys filmed the decomposition of your favorite McDonald meals. The results is hmm surprizing.

Watch your self:

 

Le Rapport ATCG v.0

dicty-development

Bonjour à tous et à toutes,

Depuis près d’un an et demi nous nous rencontrons et parlons beaucoup de projets, de techniques et autres inspirations que nous trouvons au fil de nos recherches sur internet, dans la littérature etc…

Comme personne n’est partout à la fois, que la mailing list est certains jours un peu surchargée et que la mémoire n’est qu’une constante réinvention, nous allons tenter assez régulièrement de résumer un peu ce qui s’est dit, fait, pensé, débattus, rêvé dans la communauté DIYBio. Ou pas… ;)

D’ailleurs, au passage si vous trouvez qu’il manque des choses, vous êtes invités à participer à ce rapport qui n’a rien de formel.

Le but ici, n’est pas d’être forcement précis mais plutôt de présenter rapidement des notions, donner des pistes. Tout simplement d’élargir notre curiosité, d’ouvrir notre esprit dans la plus pure tradition du dilettantisme intellectuel de l’hobbyiste.

Donc, voila. Pour l’instant, il s’agira plus d’une agrégation de liens mais avec le temps et la collaboration de chacun peut être que ce rapport va mûrir.

C’est cette dernière phrase d’ailleurs qui donne les deux premiers thèmes de cette version pilote du Rapport ATCG:

Agrégation et Collaboration:

L’agrégation de formes, d’objets, de cellules, ou d’entités de toutes sortes est l’un des phénomènes observable des plus beau de la biologie

Des fourmis s’assemblent pour créer un bateau de survie:(publication)

Dictyostelium Discoideum se rassemblent pour survivre:

Ces deux exemples, certainement les plus connus, ont pour point commun l’émergence d’une coopération. Ce genre de comportements, pose une question importante: comment dans un monde égoiste où « the survival of the fittest » est loi, une coopération peut-elle émergée ? Rober Axelrod dans The Evolution of Cooperation (article original) répond à cette question en se basant sur le dilemme du prisonnier et donne les conditions pour une telle émergence. Lui permettant par exemple d’expliquer: La symbiose de l’anémone et du poisson clown, le Live and let live phenomenon pendant la première guerre mondiale. Je ne vous briserai pas le suspense et vous laisse donc parcourir les liens et les articles sur cette démonstration qui a changé la vie de certains !

Bio Art et Design:

Toujours sur cette idée de symbiose et de coopération, parlons un peu d’art ! (J’en profite pour vous dire qu’un un super livre sur le bioArt disponible sur le web: ici )

-Une coopération entre ordinateur et plante est-elle possible ? Le projet Biomodd tente de répondre à cette question et vous donne les clefs pour faire ce projet chez vous.

- The gene hunting device

-Biocouture, ou comment faire du textile avec du Kombucha

- La biologie synthétique pour les artistes et les designers (enfin pas seulement…):le guide ULTIME !!

Bioéthique:

Les droits du donneurs d’ADN: http://www.nature.com/news/dna-donor-rights-affirmed-1.10275

Et car rien ne vaut un roman pour introduire une notion philosophique, un débat: Corpus Delicti de Juli Zeh est un livre qui m’a énormément plu (même si quelques passages sont un peu relous). Dans un pays où l’hygiène est le devoir fondamental du citoyen une biologiste se bat pour défendre son défunt frère accusé à tors d’un crime. Bioéthique, génétique, justice et politique sont tout les thèmes abordés dans ce roman que je vous conseil plus que vivement !! (et pour ceux plus portés par The Evolution of Cooperation, je vous conseil du même auteur La fille sans qualités où deux adolescents de génie en font une application sadique et philosophique)

Nos amies les fourmis:

Pour finir: enfin les fourmis zombies et les insectes hybrides de l’armée américaine

Le nid de fourmis: 10 tonnes de ciments pour combler le nid!!

Voilà ! A bientôt !

Encre Conductrice

projbare

Le but de ce projet est d’etablir dans notre laboratoire au /tmp/lab une chaine de production fiable d’encre conductrice.

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Nom de code: Bioreacteur

algae

Les algues à toutes les sauces ;)

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Neurohack featured on Thingiverse !

livingbrain

After a 3D MRI, Sam’s living brain is available in .stl for 3D print on Thingiverse and featured by Thingiverse staff. See instructions to process radiographics images.

Un cerveau vivant après examen IRM, est disponible en .stl pour impression 3D et sélectionné par l’équipe de Thingiverse. Les instructions pour utiliser les examens radiologiques y sont également disponibles.

Neurohack/Thingverse

 

Comment publier sur laPaillasse.org

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Salut les Paillassons !

Que vous soyez un wannabe ou un hardcore Paillassons il va falloir bichonner notre petit site web avec amour. D’une part pour que l’on puisse échanger de façon efficace des informations pour nos projets et d’autre part pour agir de façon transparente.

Alors que faut-il faire pour créer du contenu sur le site ? Voici quelques étapes qui vont vous familiariser avec l’interface et vous donner quelques bases pour explorer par vous même ses possibilitées

  • Etape 0: Tout d’abord, il faut s’inscrire sur la mailing list (ici) et demander un login pour le site. Vous voulez écrire sur le blog ou présenter un projet, c’est ici qu’il faut aller. N’ayez pas peur and join us !
  • Etape 1: Pour rajouter, modifier le contenu du site pas besoin d’être un dieu de la programmation web. Il existe une chouette interface (communément appelée le Dashboard ) pour faire tout ça simplement. Comment y accéder ? Il faut tout simplement aller ici et rentrer son login.
  • Etape 2: Comment créer un post sur le blog. Pour créer un post comme celui-ci, à gauche cliquez sur l’onglet Post et ensuite sur Add New. Ici, vous avez un petit éditeur de texte dans le quel vous pourrez écrire ce que vous voulez (information, réflexion ou compte rendu). Vous pouvez aussi définir la date de publication de vote article et surtout de quelle catégorie il fait partie (à droite de l’éditeur), il assez important de bien choisir sa catégorie pour avoir un site bien organisé.
  • Etape 3: Si aucune catégorie ne correspond, que faire ? C’est cool, c’est notre cas. On veut créer une catégorie Tutoriels dans la section Blog du site. A droite de l’éditeur, cliquez sur + Add New Category et rentrrez son nom (pour mieux organiser le site vous pouvez choisir une catégorie parente mais dans notre cas,ça sert à rien). Si vous voulez rajouter cette catégorie à l’ensemble des blogs dans le menu, et c’est notre cas ! Dans l’onglet Appearance allez dans la section Menus. Allez ensuite dans la petite boite Categories choisissez la categorie que vous voulez rajouter et cliquez sur ? sur ? Add to Menu !! OF COURSE !! Sur la droite vous allez voir que votre qu’une petite boite représentant votre catégorie s’est rajoutée ! Vous pouvezla deplacer en la glissant. Son indentation définira alors sa place dans le menu. Cliquez sur Save Menu et reloader la page de la Paillasse et TADAM !!
  • Etape 4: Ajouter un slider dans la page d’accueil (Parce que…c’est joli). Cliquez sur Theme Options puis Slider Manager ensuite Add New Slide to the Top ajoutez l’url de l’image ou rajoutez la dans le menu Media directement depuis votre ordinateur.
  • Etape 5: Les projets, pour ajouter un projet c’est un peu comme pour faire un post sur le blog sauf que la catégorie est Projects. Sur le site, ça serait bien de juste faire de petites présentations des projets avec quelques liens. Pour des informations plus détaillées, c’est mieux de le faire directement dans le wiki. Pour écrire dans le wiki, il faut demander un login (encore sur la mailling list) et lire ça

Voilà ! Vous savez (presque) tout. Je vous invite à commenter, modifier, expérimenter et surtout poser des questions si vous voulez vous lancer dedans.

Bye Bye !!

 

 

 

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